19世纪前，马达加斯加没有正式的教育制度，主要传授的都是实用技能，以及包括尊重祖先与长辈的社会和文化价值观。1818年，伦敦传道会会员在图阿马西纳建立第一所正式的欧式学校。传道会受到拉达马一世的邀请，在伊默里纳王国各地建立学校，向贵族儿童传授基本的读写和算术技能。1835年，这些学校遭腊纳瓦洛娜一世关闭，但在她死后的数十年里又重新开放并得到扩张。到19世纪末成为殖民地前，马达加斯加的学校体系已在撒哈拉以南非洲处于最发达、最现代之列。进入殖民地时期后，沿海地区的学校覆盖率有所增长，法语和基本工作技能成为课程重点。独立后，虽然许多民众希望与以前的殖民国完全分离，但马拉加什共和国在包括教育的各个方面都对法国有较大程度的依赖，学校继续沿用法语作为教学语言，许多法国教师也继续任教。到了马达加斯加民主共和国时期，包括法国在内的外国教师都遭到驱逐，马达加斯加语成为教学语言，大批年轻干部在强制性的两年国民服役政策规定下经快速训练后被派到偏远的农村学校任教。这一人称“malgachisation”的政策适逢严重的经济衰退，导致教育品质大幅下降。在这段时间里接受教育的学童普遍未能掌握包括法语在内各个学科的的技能，因此很难找到工作，许多人被迫在非正规市场或是黑市中从事低薪资的职业，在贫困的泥潭里越陷越深。除了阿尔贝•卡菲担任总统的1992到1996年外，拉齐拉卡于1975至2001年两度掌权期间都一直没能给全国的教育事业带来显著的改善。
教育普及率和品质是拉瓦卢马纳纳执政时期的重点关注项目。
教育资源的增多带来了普及率的提高，从1996至2006年，马达加斯加的入学率翻了超过一番。但由于教育质量不佳，留级和辍学率都很高。拉瓦卢马纳纳的第二个任期期间，教育政策的关注重点转移到教育质量上。例如最低教育标准的提高，要求招聘的小学教师至少要拥有初中毕业证书，初中教师则至少要有高中毕业证。教师培训方案也做出改革，令其教学方式从传统的说教式向以学生为中心的方法转变，以提高学生的学习能力和对课堂的参与度。2008年时，公共教育支出占政府开支总额的13.4%，相当于GDP的2.9%。该国的小学教室仍然超员，到2010年时，平均每40名学生才拥有一名教师。
拉瓦卢马纳纳执政时期（2002至2009年），教育成为政府的优先关注项目，该国目前对6至13岁儿童实行免费义务教育。小学学制五年，然后是四年的初中和三年的高中。马达加斯加在拉瓦卢马纳纳的第一个任期里新建数以千计的小学，还新增大量教室，旧建筑经过翻新，全国还招募和培训数万名小学教师。小学不再收取学费，还会给学生发放包含基本学习用品的包裹。政府确保每个社区都会有至少一所小学，每个公社都至少有一所初中。每个较大的城市中心都会建有至少一所高中。全国公立大学的三个分支分别位于塔那那利佛（1961年建立）、马哈赞加（1977年建立）和菲亚纳兰楚阿（1988年建立），还有多所公立教师培训学院、私立大学和技术学院予以补充。